Sinds 1988 viert Protagoras elke vijf jaar haar verjaardag met een Lustrumjaar. Hiervoor is de Lustrumcommissie in het leven geroepen. Deze commissie zorgt ervoor dat alle Lustrumactiviteiten in goede banen geleid worden. De activiteiten bestaan uit meerdere Lustrumactiviteiten durende het collegejaar met afsluitend een Lustrumweek in mei.